Claude skorpióméreg elleni fehérjéket tervezett

Mi történt?

Az ötlet a Citrini Research befektetési elemzőcégtől jött: segíthet-e Claude egy lelkes, de nem szakértő csoportnak egy valódi egészségügyi problémán dolgozni (Anthropic). A választás a skorpiócsípésre esett. Évente legalább 1,2 millió embert csípnek meg, több mint 3250 halálesettel, főleg gyerekek körében és rossz egészségügyi ellátású régiókban. A meglévő, lovakban termeltetett ellenszerek drágák, és csak kevés toxin ellen hatnak.

Egy Claude Science-ben futó belső modell 64 órán át dolgozott, nagyrészt önállóan, négy follow-up prompttal. Öt toxint célzott négy régióból: Mexikó (Cn2), Brazília (Ts1), Észak-Afrika (AaH I és AaH II), illetve a Közel-Kelet (LqhIII).

Számok

• 12 tervezőeszköz, 318 484 terv, 553 052 együtt foldolt és szűrt terv-toxin pár.
• Nagyjából 10 000 GPU-óra számítás.
• Claude 180 tervet választott ki, a csapat Claude segítségével további 31-et adott hozzá.
• Az Adaptyv Bio és a Twist Bioscience mind a 211 tervet letesztelte. 17 lett binder: 7 a Cn2, 4-4 az AaH II és az AaH I, 2 az LqhIII ellen.
• Az egytoxinos tervek 18%-a működött, ez tipikus fehérjetervezési arány.

A több toxint egyszerre célzó tervek közül egy sem kötött egynél több toxinhoz. A két legerősebb, a Cn2-B1 és a Cn2-B2 egyjegyű nanomoláris affinitással köt. A versengési kísérletek szerint ugyanott kapcsolódik, ahol az LR antitest, amely egerekben semlegesíti a Cn2-t.

Mi hiányzik még?

A kötődést csak laborban előállított, rekombináns toxinon mérték. Sejtes semlegesítést és állatkísérletet nem végeztek, így az Anthropic maga írja, hogy ellenszert nem állít. A két külső szakértő, Susana Vázquez Torres (CNIO) és Timothy P. Jenkins (DTU) ígéretes első lépésnek nevezte a munkát.

Mind a 211 terv és a mérési adatok elérhetők a Hugging Face-en, a részletek a technikai jelentésben vannak. A tanulság: a kötőfehérje tervezése már nem a szűk keresztmetszet, hanem a gyógyszerré fejlesztés. Elhanyagolt betegségeknél, ahol kevés a pénz, a napok alatt elkészülő jelöltek érdemben gyorsíthatják az első lépést.