Ugrás a tartalomra
Neural Daily

ModellekHír

NVIDIA RFD4-Proteina: nyílt modell fehérjetervezéshez

Az NVIDIA és a Washingtoni Egyetem nyílt modellje egyszerre generálja a fehérje szekvenciáját és teljes atomi szerkezetét. Böngészőből is kipróbálható, november 4-ig ingyen.

Írta: Mikola Máté Patrik · · 2 perc olvasás

Two ribbon views of the PD-L1 protein target in teal with green hotspots, the right one with an orange generated binder
Kép: NVIDIA · Sajtókép · Official Hugging Face blog post social image (og:image) · Forrás

Mi változott?

Az NVIDIA október 21-én mutatta be (Hugging Face blog) az RFD4-Proteinát, egy nyílt BioNeMo modellt programozható fehérjetervezéshez. A modellt a Washingtoni Egyetem Institute for Protein Design nevű intézetével közösen fejlesztették.

A fehérjetervezés eddig több modellre szakadt szét: külön modell kellett a gerincre (backbone), a szekvenciára és az all-atom szerkezetre. Minden átadásnál információ veszett el. Az RFD4-Proteina egyetlen modellben generálja a szekvenciát és a teljes atomi szerkezetet. Olyan környezetben is tervez, ahol más fehérjék, kis molekulák, nukleinsavak, glikánok, fémionok vagy módosított aminosavak is jelen vannak.

Újdonságok

  • Thinking beállítás: az LLM-ekhez hasonlóan három fokozatban (low, medium, high) állítható, mennyit finomítson a modell egy terven. Több finomítás nagyobb eséllyel ad jó tervet, de több számítást is igényel.
  • Hatékonyság: egy 24 célfehérjés benchmarkban high fokozaton GPU-óránként 76,40 szerkezetileg eltérő, a számítógépes kritériumoknak megfelelő tervet adott. A második legjobb módszer, a Proteina-Complexa 13,24-et.
  • Reward-guided search: külső értékelők, például szerkezetbecslő modell vagy fizikai energiaszámítás pontozzák a terveket. Ez a pontszám irányítja a keresést a kívánt tulajdonságok felé.
  • Architektúra: flow-matching modell és autoencoder párosa, a Hugging Face modelloldala szerint kb. 0,4 milliárd paraméterrel.

Hogyan próbálható ki?

Két Hugging Face Space-ben böngészőből is fut. A dedikált Space-t (NVIDIA RTX PRO 6000 GPU-k) az NVIDIA október 21. és november 4. között ingyen adja, utána a ZeroGPU Space marad ingyenes a Hugging Face kvótáin belül. Mindkét Space SecureDNA biobiztonsági szűrést futtat a bemeneten és minden generált terven.

Helyben pip csomagként (rfd4-proteina), a GitHub-repóból vagy a Diffusers könyvtárral futtatható. Linux x86_64, Python 3.12, NVIDIA GPU és CUDA 13-kompatibilis driver kell, de van CUDA 12-es build is.

Mit jelent ez?

Egy all-atom tervezőmodell kisebb csapatoknak is elérhetővé válik, akár telepítés nélkül. A generált tervek számítógépes eredmények, a kötődést laborban kell igazolni. Aki kipróbálná, annak az Anthropic és az Adaptyv fehérjetervező versenye kézenfekvő terep.

    MI segítségével készült, szerkesztő ellenőrizte. Hogyan készülnek a cikkeink

    Szerkesztőségünk ellenőrizte és szerkesztette. Rólunk

    Kapcsolódó cikkek